1959년 12월 14일, 재일동포 234세대 975명을 실은 소련 선박 클리리온호와 토보르스크호가 경찰의 삼엄한 경계 속에 일본의 니가타항을 출항, 북한의 청진항으로 향했다. 배에 탄 사람들의 얼굴에는 일본인들의 차별에서 벗어난다는 기쁨과 지상낙원으로 떠난다는 설렘이 교차했다. 일본 정부는 만일의 사태에 대비, 1800여 명의 경찰을 부두에 배치하고, 10여 척의 함정을 동원해 근해를 감시했다. 북송자를 태우고 니가타항으로 향하는 열차 주변과 역 곳곳에는 장갑차까지 동원한 일본 경찰 6000여 명이 배치돼 팽팽한 긴장감이 감돌았다. 우익계 민단 측이 조직적으로 반대행동을 보인데다 북송선을 파괴하겠다는 첩보도 입수됐기 때문이다. 협박에 못이겨 북송열차를 탄 사람들은 중도에 이탈하기도 했다.
재일동포 북송사업은 재일동포를 추방하려는 일본의 은밀한 계획과, 부족한 노동력을 확보하고 대남공작원으로도 활용하기 위한 김일성의 계략이 맞아 떨어져 성사됐다. 하지만 한국 측의 집요한 설득과 압력으로 처리과정은 순탄치 않았다. 일본과 북한적십자사가 인도 캘커타에서 ‘재일동포 북송에 관한 협정’을 체결한 것은 1959년 8월 13일이었다. 소식을 접한 우리 정부는 ‘한·일기본협정’과 ‘평화선 철폐’ 등을 체결하겠다며 북송 중단을 설득하고, 우리 국민들도 도처에서 “북송반대!”를 외치며 연일 시위를 벌였다. 한 재일교포 여성은 부모의 북송에 죽음으로 항의하기도 했다.
1984년까지 계속된 북송으로 일본인 처 1830여 명을 포함, 9만 3000명이 북한으로 보내졌는데 이들은 북한에서 동요계층 또는 적대계층으로 분류돼 결혼, 전직, 거주지 등 생활전반에 걸쳐 엄격한 감시 하에 놓여있는 것으로 알려졌다. 일본인 처들은 그후로 일본땅을 다시 밟지 못했다.