일본과 러시아 간에 전운이 감돌고 있을 때 대한제국은 1904년 1월 23일 중립을 선언했다. 양국간 분쟁을 비껴가려함이었다. 고래싸움에 새우등이 터질 것을 우려한 조선 정부의 자구책이었지만 힘이 뒷받침되지 않는 중립은 공염불일 뿐이었다. 2월 8일 결국 러일전쟁은 터졌고, 승기를 잡은 일본은 조선을 사실상 보호국으로 삼으려는 본색을 드러냈다. 고종을 알현한 주한 일본공사 하야시 곤스케가 전쟁의 불가피성을 강조하며 조선이 중립을 포기하고 일본에 협력할 것을 강요한 것이다. 그들에게 조선의 중립선언은 안중에 없었다.
친러파 이용익이 일본으로 압송되고 반대파들에게 감시망이 쳐진 가운데 하야시는 일본군 사단장 이노우에를 대동해 공수·조일(攻守·助日)을 앞세운 ‘한일의정서’ 체결을 강압했다. 2월 23일 결국 6개조로 구성된 ‘한일의정서’가 하야시와 외부대신서리 이지용 사이에 조인됐다. 조선에 대한 식민지 경영을 합리화한 첫 걸음이었고, 조선이 일본의 속국으로 전락한 첫 단계였다.
궤도에 오르는 것이 어렵지 일단 궤도에 오르기만 하면 그다음부터는 속도만 조절하면 된다. 궤도진입의 의미를 갖는 한일의정서 체결로 조선과 러시아의 모든 관계는 철폐됐고 대한제국은 본격 국권상실의 길로 들어섰다. 일본이 사실상 조선의 보호국이 된 것이다. 3월 8일자 관보를 통해 의정서 내용을 알게된 백성들이 반발했지만 일제는 이에 아랑곳하지 않고 3월 17일 이토를 서울에 파견, 의정서 실천을 강요했다. 의정서에 따라 일본군 주둔 목적으로 헐값에 강제매수한 300만평의 땅이 오늘날의 용산 미군기지다.